La Hermandad de la Penitencia, integrada por 164 miembros, todos ellos cofrades del Paso Encarnado, se ha consolidado durante estos años desde su fundación como otro de los pilares de nuestra Archicofradía.
Constituida como queda dicho por el entusiasmo y la devoción que entre un numeroso grupo de rabaleros provocó la llegada a Lorca de la Sagrada Imagen de Nuestro Señor Jesús atado a la columna, el Señor de la Penitencia, obra del escultor José Hernández Navarro,inmediatamente tomó la determinación de sacar en trono de andas tan piadosa Imagen, y así se decidió por mayoría absoluta el 18 de octubre de 1999, a los pocos meses de su nacimiento. D. Esteban Clemente Miras es nombrado Hermano mayor de la Hermandad y D. Javier Medina Oficial de Varales. Tras ser aprobado en Junta General se decide salir en la Procesión del Silencio de 2000 llevando a hombros el nuevo paso, vestidos los hermanos con traje negro y la medalla de la hermandad en el cuello.
Desde entonces, cada año la Hermandad de la Penitencia se esfuerza por mejorar su participación en la Procesión del Silencio, en la madrugada del Viernes Santo desde la Iglesia de San Cristóbal, dando siempre un ejemplo de buen procesionar por las calles del Barrio, conscientes sus hermanos en todo momento de lo que supone cargar a hombros con esa Venerada Imagen de Quien, sin conocer el pecado ni la maldad, es nuestro Maestro de penitencia y, dando la vida y asumiendo todas nuestras culpas y miserias, se entregó por nuestra salvación, flagelado y escarnecido, a la muerte de Cruz, para resucitar al tercer día.
Es también responsabilidad de la Hermandad acompañar a la Sagrada Imagen de María Santísima de la Soledad en su salida procesional de la noche del Viernes Santo por la carrera oficial.
Los Miércoles de Ceniza en la misa en Honor a Nuestro Señor Jesús de la Penitencia, se imponen las medallas de la Hermandad a los nuevos miembros.
D. Diego Bermejo Morales es el Hermano Mayor de esta Hermandad y D. Enrique García Millán el Oficial de Varales.